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1. miRNA典型的完整項(xiàng)目服務(wù)

客戶提供樣本，包括細(xì)胞，組織或者血液樣本。提取總RNA，miRNA芯片試驗(yàn)，miRNA芯片數(shù)據(jù)的生物分析，得到候選的符合預(yù)期的miRNA候選群組，針對(duì)候選的miRNA群組進(jìn)行qRT-PCR驗(yàn)證。根據(jù)驗(yàn)證
結(jié)果篩選獲得候選的代表性的microRNA，進(jìn)行功能分析。轉(zhuǎn)染miRNA mimics,microRNA inhibitors可以研究調(diào)控miRNA所引起的生物學(xué)效應(yīng)，并通過下游的基因表達(dá)分析或者表型分析，可以確定特
點(diǎn)miRNA的靶標(biāo)基因及其功能。典型的試驗(yàn)設(shè)計(jì)包括：轉(zhuǎn)染mimic或者inhibitor,或者還可以共轉(zhuǎn)染帶有miRNA結(jié)合位點(diǎn)的報(bào)告基因載體系統(tǒng)，下游的檢測(cè)包括報(bào)告載體分析，qRT-PCR、芯片分析、蛋
白分析。

2.miRNA生物信息學(xué)預(yù)測(cè)及其功能檢查

客戶提供相應(yīng)的候選miRNA，根據(jù)客戶提供的候選miRNA,我們做靶標(biāo)基因的生物信息學(xué)預(yù)測(cè)，根據(jù)預(yù)測(cè)的結(jié)果，進(jìn)行miRNA與帶有miRNA結(jié)合位點(diǎn)的報(bào)告基因載體系統(tǒng)進(jìn)行結(jié)合位點(diǎn)的確認(rèn)。通過
microRNA反義技術(shù)，miRNA的RNAi干擾技術(shù)以及相應(yīng)的miRNA mimics 或microRNA inhibitor進(jìn)行試驗(yàn)的佐證和二次確認(rèn)試驗(yàn)。

3.客戶訂制實(shí)驗(yàn)服務(wù)

根據(jù)客戶實(shí)驗(yàn)以及周期要求，針對(duì)具體實(shí)驗(yàn)階段或者試驗(yàn)要求，設(shè)計(jì)實(shí)驗(yàn)，完成客戶指定的某一流程的服務(wù)。

microRNA研究相關(guān)數(shù)據(jù)庫與預(yù)測(cè)、功能分析軟件

融合Targetscan，PicTar，miRanda等軟件操作，更方便更簡(jiǎn)單，首推軟件：http://bioinfo.univ-rouen.fr/mirabel/

miRNA研究更多工具：

1.miRBase: http://www.mirbase.org miRBase序列數(shù)據(jù)庫是一個(gè)提供包括已發(fā)表的miRNA 序列數(shù)據(jù)、注釋、預(yù)測(cè)基因靶標(biāo)等信息的全方位數(shù)據(jù)庫，是存儲(chǔ)miRNA信息最主要的公共數(shù)據(jù)庫之一。miRBase提供便捷的網(wǎng)上查詢服務(wù)，允許用 戶使用關(guān)鍵詞或序列在線搜索已知的miRNA和靶標(biāo)信息。

2.miRecords: http://mirecords.biolead.org/ 動(dòng)物 miRNA 的靶相互作用的數(shù)據(jù)庫, 包括人工收集實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證的, 預(yù)測(cè)的 miRNA的靶目標(biāo). 靶標(biāo)預(yù)測(cè)工具DIANA-microT, MicroInspector, miRanda, MirTarget2, miTarget, NBmiRTar, PicTar, PITA, RNA22, RNAhybrid, and TargetScan/TargertScanS.

3.PMRD: http://bioinformatics.cau.edu.cn/PMRD/ PMRD是一個(gè)關(guān)于植物MicroRNA 數(shù)據(jù)庫，包括了microRNA序列和它們的靶基因、二級(jí)結(jié)構(gòu)、表達(dá)譜、基因組搜索等等，并且該數(shù)據(jù)庫嘗試著整合大量的關(guān)于植物microRNA的數(shù)據(jù)。

4.CoGeMiR: http://cogemir.tigem.it/ CoGeMiR數(shù)據(jù)庫總結(jié)關(guān)于在進(jìn)化過程中MicroRNA 在不同動(dòng)物中的保守性。該數(shù)據(jù)庫搜集已知的和預(yù)測(cè)的microRNA關(guān)于染色體定位、保守性和表達(dá)譜方面的信息。

5.MicroRNAdb: http://bioinfo.au.tsinghua.edu.cn/micrornadb/index.php MicroRNAdb是一個(gè)關(guān)于microRNA的綜合性數(shù)據(jù)庫。相比其他數(shù)據(jù)庫，MicroRNAdb搜集的microRNA更完整且進(jìn)行了充分的注釋。如今，該數(shù)據(jù)庫有732個(gè)microRNA序列的條目和439個(gè)詳細(xì)的注釋。

6.miRWalk: http://www.ma.uni-heidelberg.de/apps/zmf/mirwalk/ miRWalkis是一個(gè)綜合性數(shù)據(jù)庫，提供來自人類、小鼠和大鼠的miRNA的預(yù)測(cè)信息和經(jīng)過驗(yàn)證的位于其靶基因上的結(jié)位點(diǎn)。 7.TarBase: http://diana.cslab.ece.ntua.gr/tarbase/ TarBase數(shù)據(jù)庫人工搜集了實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證過的miRNA的靶基因，包括在人、小鼠、果蠅、蠕蟲和斑馬魚中的miRNA的靶基因，區(qū)分出這些miRNA靶基因中的對(duì)的和不對(duì)的。

8.miRGator:http://genome.ewha.ac.kr/miRGator/miRGator.html miRGator數(shù)據(jù)庫是一個(gè)引導(dǎo)對(duì)miRNA進(jìn)行功能闡釋的工具。功能分析和表達(dá)譜結(jié)合靶基因預(yù)測(cè)，可以對(duì)miRNA的生物學(xué)功能進(jìn)行推測(cè)。

9.miRGen:http://www.diana.pcbi.upenn.edu/miRGen.html miRGen是一個(gè)整合型數(shù)據(jù)庫,包括：(i)動(dòng)物miRNA和基因組元件之間的位置關(guān)系;(ii)通過結(jié)合廣泛使用的靶基因預(yù)測(cè)程序得到動(dòng)物miRNA靶基因。

10.miRNAMap:http://mirnamap.mbc.nctu.edu.tw/ miRNAMap數(shù)據(jù)庫搜集了多個(gè)物種的經(jīng)過試驗(yàn)證明的microRNA和miRNA靶基因，其中包括人類的、小鼠的、大鼠的以及其他多細(xì)胞動(dòng)物的基因組。

11.Vir-Mir:http://alk.ibms.sinica.edu.tw/cgi-bin/miRNA/miRNA.cgi Vir-Mir數(shù)據(jù)庫提供預(yù)測(cè)的病毒miRNA的候選發(fā)夾結(jié)構(gòu)序列。

12.ViTa:http://vita.mbc.nctu.edu.tw/ ViTa數(shù)據(jù)庫搜集來自miRBase、ICTV、VirGne、VBRC等數(shù)據(jù)庫的病毒數(shù)據(jù)，包括了已知的病毒的miRNA以及相應(yīng)的由 miRanda和TargetScan預(yù)測(cè)的宿主miRNA靶基因。ViTa還提供有效的注釋，包括 人類miRNA的表達(dá)情況，病毒感染的組織等。

13.ASRP Database:http://asrp.cgrb.oregonstate.edu/db/ ASRP網(wǎng)站組織了擬南芥中的小RNA的信息，這些小RNA是通過ASRP或其他實(shí)驗(yàn)室分離得到的。 14.miRNApath:http://lgmb.fmrp.usp.br/mirnapath/tools.php miRNApath是一個(gè)關(guān)于miRNA、靶基因以及代謝通路的的數(shù)據(jù)庫。

15.miRex:http://miracle.igib.res.in/mirex/ miRex是一個(gè)分析microRNA基因表達(dá)的在線資源庫，搜集，整理和分析已發(fā)表的關(guān)于microRNA基因表達(dá)的數(shù)據(jù)，它允許研究者通過數(shù)千數(shù)據(jù)點(diǎn)來分析基因表達(dá)和提供microRNA基因表達(dá)數(shù)據(jù)的在線 保存。

16.PolymiRTS:http://compbio.uthsc.edu/miRSNP/ 自然產(chǎn)生的miRNA的靶標(biāo)位點(diǎn)DNA變異的數(shù)據(jù)庫.

17.SeqBuster:http://estivill_lab.crg.es/seqbuster/ a bioinformatic web interface able to custom analyze deep sequencing data to study miRNA variants or isomiRs. From Genetic Causes of Disease Group, Genes and Disease Program, Centre for Genomic Regulation (CRG), Pompeu Fabra University, Barcelona, Catalonia, Spain.

18.WMD3: http://wmd3.weigelworld.org./cgi-bin/webapp.cgi WMD3 designs artificial microRNAs (amiRNAs). The 21mer amiRNA21mers can specifically silenceg single or multiple genes of interest in more than 90 plants. From Max Planck Institute for Developmental Biology, 72076 Tübingen, Germany.

19.TargetScan:http://www.targetscan.org/ TargetScan是通過搜索和每條miRNA種子區(qū)域匹配的保守的8mer和7mer位點(diǎn)來預(yù)測(cè)靶基因。

20.microRNA.org:http://www.microrna.org/ miRanda數(shù)據(jù)庫提供了關(guān)于人類、果蠅和斑馬魚基因組的microRNA靶目標(biāo)的預(yù)測(cè)信息以及miRNA在不同組織的表達(dá)譜。

21.PicTar: http://www.pictar.org/ icTar是通過一定計(jì)算法則來鑒定microRNA的靶目標(biāo)的。該可搜索的網(wǎng)站可以提供以下物種的關(guān)于microRNA靶目標(biāo)的預(yù)測(cè)詳細(xì)信息，包 括：脊椎動(dòng)物、七個(gè)果蠅種類、三個(gè)線蟲種類和人類的非保 守但共表達(dá)的microRNA的靶目標(biāo)(例如：表達(dá)在同一組織的microRNA和mRNA)。

22.RNAhybrid:http://bibiserv.techfak.uni-bielefeld.de/rnahybrid/ RNAhybrid是一種用于尋找一條長(zhǎng)鏈RNA和一條短鏈RNA的最小配對(duì)自由能的工具，是通過一種域碼來實(shí)現(xiàn)的。例如一條短鏈序列結(jié)合到長(zhǎng)鏈的最佳位置上。該工具主要作為microRNA靶基因預(yù)測(cè)用.

23.microInspector:http://bioinfo.uni-plovdiv.bg/microinspector/ microInspector提供miRNA結(jié)合位點(diǎn)的預(yù)測(cè)。

24.TripletSVM: http://bioinfo.au.tsinghua.edu.cn/mirnasvm/ TripletSVM是一個(gè)用于預(yù)測(cè)一個(gè)具有發(fā)夾結(jié)構(gòu)的被查詢序列是否是一個(gè)真正的miRNA前體物的程序.

25.TransmiR: http://cmbi.bjmu.edu.cn/transmir TransmiR是關(guān)于轉(zhuǎn)錄因子的microRNA調(diào)節(jié)的數(shù)據(jù)庫，對(duì)于用于學(xué)術(shù)研究室免費(fèi)的。 26.miR2Disease:http://mlg.hit.edu.cn:8080/miR2Disease/search.jsp miR2Disease數(shù)據(jù)庫是一個(gè)人工注釋的數(shù)據(jù)庫，主要收錄的是與人類疾病相關(guān)的microRNA信息.

27.S-MED: http://www.oncomir.umn.edu/SMED/index.php S-MED(肉瘤microRNA表達(dá)數(shù)據(jù)庫)是一個(gè)存儲(chǔ)miRNA表達(dá)譜的數(shù)據(jù)庫，這些miRNA是在多種人的肉瘤中以及一些選擇的正常組織中發(fā)現(xiàn)的。

28.PMRD：http://bioinformatics.cau.edu.cn/PMRD/ 植物microRNA數(shù)據(jù)庫

29.deepBase： http://deepbase.sysu.edu.cn/ deepBase從新一代測(cè)序技術(shù)(深度測(cè)序技術(shù)，deep-sequencing)數(shù)據(jù)中注釋和鑒定microRNA，piRNA，siRNA基因及長(zhǎng)非編碼RNA基因及其他們的表達(dá)模式。

30.starBase： http://starbase.sysu.edu.cn/ starBase 從高通量的CLIP-Seq實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)(CLIP-Seq和HITS-CLIP)和降解組實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)中(degradome sequencing)搜尋micorRNA的靶標(biāo)。提供了各式各樣的可視化界面去探討microRNA的靶標(biāo)

31.PITA: http://genie.weizmann.ac.il/pubs/mir07/mir07_data.html PITA基于靶位點(diǎn)的可接性(target-site accessibility)預(yù)測(cè)microRNA的靶標(biāo)。

32.RNA22：http://cbcsrv.watson.ibm.com/rna22.html RNA22基因序列特征預(yù)測(cè)microRNA的結(jié)合位點(diǎn)。

33.miRTarBase:http://mirtarbase.mbc.nctu.edu.tw/index.html 一個(gè)全面收集已被實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證的microRNA靶標(biāo)數(shù)據(jù)庫。

34.miRanda： http://www.microrna.org/microrna/home.do miRanda是John等于2003年5月開發(fā)的第一個(gè)miRNA靶基因預(yù)測(cè)軟件。miRanda適用范圍廣泛，不受物種限制，同時(shí)提供了 windows,linux,和macintosh多平臺(tái)版本，可以下載到本地運(yùn)行。堿基互補(bǔ) 方面，miRanda算法和Smith-Waterman算 法相似，但它以堿基互補(bǔ)(如A=U,G≡C等)代替Smith-Waterman算法中的堿基匹配(如A-A,U-U等)來構(gòu)建打分矩陣，允許G=U錯(cuò) 配，為了體現(xiàn)miRNA3’ 端和5’端和靶基因作用過程中的不對(duì)稱性，軟件給出了scale參數(shù)(5’端11個(gè)堿基得分值乘以該值，然后和3’端11個(gè)堿 基得分值相加作為堿基互補(bǔ)得分)。同時(shí)強(qiáng)調(diào)miRNA第2到4位堿基和靶基因 精確互補(bǔ)，第3到12位堿基和靶基因錯(cuò)配不得多于5個(gè)，9到L-5(L為 miRNA總長(zhǎng))位堿基至少一個(gè)錯(cuò)配，最后5個(gè)堿基錯(cuò)配不得多于兩個(gè)。 35.DIANA-microT： http://www.microrna.gr/microT DIANA-microT是KiriakidouM等基于實(shí)驗(yàn)和計(jì)算生物學(xué)方法開發(fā)的miRNA靶基因預(yù)測(cè)軟件。和miRanda預(yù)測(cè)結(jié)果中可能出 現(xiàn)一個(gè)miRNA對(duì)應(yīng)多個(gè)靶位點(diǎn)或多個(gè)miRNA對(duì)應(yīng)一個(gè)靶位點(diǎn)而丟掉了miRNA調(diào) 控單個(gè)靶位點(diǎn)不同的是，DIANA-microT考慮了miRNA調(diào) 控單個(gè)靶位點(diǎn)的情況。DIANA-microT預(yù)測(cè)算法基于以下兩點(diǎn)來判別miRNA靶基因：①miRNA和靶基因間的高親和力，主要通過結(jié)合能來衡量。 ②影響miRNA和靶基因所形成二聚體莖環(huán)結(jié)構(gòu)環(huán)部位置和環(huán)大小的miRNA相關(guān)蛋白可能指導(dǎo)miRNA和靶基因的相互作用。 36.RNAhybrid： http://bibiserv.techfak.uni-bielefeld.de/rnahybrid/ RNAhybrid是Behmsmeier M等[15]基于miRNA和靶基因二聚體二級(jí)結(jié)構(gòu)開發(fā)的miRNA靶基因預(yù)測(cè)軟件。RNAhybrid預(yù)測(cè)算法禁止分子內(nèi)、miRNA分子間及靶基因間 形成二聚體，根據(jù)miRNA和靶基因間 結(jié)合能探測(cè)最佳的靶位點(diǎn)。盡管隨著靶基因序列長(zhǎng)度增加，運(yùn)算復(fù)雜度也相應(yīng)增加，但RNAhybrid和其它RNA二 級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)軟件諸如mfold, RNAfold, RNAcofold和pairfold相比，仍具有明顯的速 度優(yōu)勢(shì)。此外，RNAhybrid允許用戶自定義自由能閾值及p值，也允許用戶設(shè)置雜交位點(diǎn)的 偏向，如雜交位點(diǎn)必須包含miRNA 5’端2-7nt等。